Cơ cấu tổ chức của đơn vị bao gồm:

2.1. Các phòng chức năng: có 05 phòng gồm:

- Phòng Tổ chức - Hành chính;

- Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ;

- Phòng Tài chính - Kế toán;

- Phòng Điều dưỡng;

- Phòng Dân số- KHHGĐ.  

          2. 2. Các khoa chuyên môn: gồm có 12 khoa

- Khoa Khám bệnh - Liên chuyên khoa;

- Khoa Hồi sứccấp cứu;

- Khoa Chăm sóc sức khoẻ sinh sản;

- Khoa Ngoại tổng hợp; 

- Khoa Nội;

- Khoa Nhi;

- Khoa Truyền Nhiễm;

- Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;

- Khoa Dược-Trang thiết bị-Vật tư y tế;

- Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh;

- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS;

- Khoa Y tế công cộng - Dinh dưỡng - An toàn thực phẩm.

2.3. Các trạm y tế xã, phường, thị trấn: 11; bao gồm:

- Trạm Y tế Phường An Phú;

- Trạm Y tế Phường An Tân;

-Trạm Y tế Phường Tây Sơn;

- Trạm Y tế Phường An Bình;

- Trạm Y tế Phường Ngô Mây;

- Trạm Y tế Phường An Phước;

- Trạm Y tế Xã Song An;

- Trạm Y tế Xã Xuân An;

- Trạm Y tế Xã Cửu An;

- Trạm Y tế Xã Tú An;

- Trạm Y tế Xã Thành An.